Les signes cliniques les plus fréquents sont des douleurs abdominales, une diarrhée, souvent chronique, et des rectorragies. Le tableau clinique s’installe habituellement progressivement en quelques mois. Dans 10 à 20 % des cas le début est brutal, à l’origine de difficultés diagnostiques. L’expression clinique varie en fonction de la localisation de l’atteinte digestive. Des douleurs en fosse iliaque droite avec diarrhée hydrique sont retrouvées notamment en cas de maladie de Crohn avec atteinte iléale ou iléocolique droite. Les douleurs peuvent être diffuses en cas d’atteinte étendue de la maladie. Une diarrhée glairo-sanglante, est souvent associée à une atteinte colique de la maladie de Crohn et est le symptôme le plus fréquemment retrouvé dans la rectocolite hémorragique. La caractérisation de la diarrhée doit être recherchée à l’interrogatoire : nombre de selles liquides, présence de selles nocturnes ou d’une incontinence anale, nombre de rectorragies, association à des faux besoins ou à des ténesmes. Une asthénie, une anorexie et un amaigrissement sont fréquemment associés aux maladies inflammatoires chroniques de l’intestin. La perte de poids doit être quantifiée. Chez l’enfant, une maladie inflammatoire chronique de l’intestin doit être suspectée en cas de retard staturo-pondéral. Enfin, l’examen proctologique fait partie intégrante de l’examen clinique, à la recherche de lésions ano-périnéales évocatrices de maladie de Crohn (fissure crohnienne, marisque, orifice fistuleux, abcès).
La maladie de Crohn peut aussi être révélée par une complication. En cas d’atteinte iléale sténosante, la constipation et les manifestations subocclusives sont au premier plan. Il peut exister des douleurs dites obstructives : douleurs abdominales et ballonnements majorés en période postprandiale, avec sensation de blocage, rapidement soulagés après l’émission de borborygmes, de gaz et de selles.
Le diagnostic de maladie inflammatoire chronique de l’intestin doit également être évoqué devant la découverte d’un syndrome inflammatoire biologique, d’une anémie, d’une carence martiale, ou d’une malabsorption (hypoalbuminémie, carences vitaminiques).