Les techniques de séquençage nouvelle génération (NGS) englobent le séquençage à haut débit de l’ADN avec l’analyse du génome entier, de l’exome entier ainsi que de tous les ARN messagers. Il est également possible d’effectuer un séquençage à haut ou moyen débit ciblé sur un panel défini de gènes ou sur un panel ciblé d’ARN. Le NGS permet le diagnostic et le dépistage prénatal de maladies génétiques constitutionnelles, la prédiction du risque et de la sévérité de certaines pathologies, l’identification de mutations génétiques spécifiques au sein de cellules tumorales, le typage des agents pathogènes bactériens ou viraux. Le NGS est largement utilisé, en particulier en génétique moléculaire, pour développer des approches de médecine personnalisée.Le NGS prend une place croissante en pratique médicale dans le diagnostic de maladies héréditaires, notamment en prénatal, la caractérisation génique tumorale utile à la définition de la stratégie thérapeutique et l’analyse de certains agents infectieux. En oncologie, l’utilisation de ces techniques permet la recherche de mutations ou de gènes de fusion susceptibles d’avoir des implications diagnostiques et/ou thérapeutiques. Par exemple, il est utilisé pour le dépistage des formes familiales de cancers liés à des mutations des gènes BRCA1 et BRCA2 ; la présence de gènes de fusion a un intérêt diagnostique dans certaines hémopathies et de nombreux sarcomes. La médecine moléculaire s’appuie sur les examens de biologie de première ligne, la biologie spécialisée, les biomarqueurs innovants et les technologies de pointe d’étude du génome, de l’épigénome, du transcriptome, du protéome et du métabolome pour l’interprétation des analyses NGS de l’exome ou du génome entier. L’importance de l’interaction entre les facteurs génétiques et environnementaux a été mise en évidence dans le développement de l’obésité et du diabète de type 2. En comparant les séquences génétiques de personnes atteintes d’obésité ou de diabète de type 2 à celles de personnes normoglycémiques et/ou de poids normal, on peut identifier des variants génétiques qui sont plus fréquents chez les personnes atteintes de ces maladies. Ces variants peuvent se trouver dans des gènes connus pour être impliqués dans le métabolisme, la régulation de l’appétit, l’absorption des nutriments ou d’autres processus biologiques pertinents. D’autres variants peuvent affecter la production ou la sensibilité à l’insuline.Les techniques de NGS de l’ADN continuent d’évoluer rapidement, avec des implications majeures pour la pratique clinique (séquençage de longs fragments, séquençage en temps réel, séquençage de l’ADN sans amplification, développement de l’utilisation d’enzymes innovantes...).
Pierre Brousset, anatomie et cytologie pathologique, Toulouse, France
15 octobre 2024