La RT-PCR est la technique de référence pour dépister une infection par le SARS-CoV-2 car sa sensibilité très élevée permet de détecter de très faibles quantités d’ARN viral. Cependant, elle ne donne pas d’information sur la contagiosité. Pourtant, cette notion est cruciale : que faire devant une personne encore positive bien que guérie qui doit voyager à l’étranger, ou un patient nécessitant une admission en structure hospitalière (hors Covid) ou de soins (EHPAD…) ? Nous avons interrogé Vanessa Escuret, du Centre national de référence des virus des infections respiratoires de Lyon.

 

Pendant combien de temps un test PCR reste positif ?

Chez les sujets symptomatiques, l’ARN viral est détectable dans les prélèvements nasopharyngés 1 à 3 jours avant le début des signes cliniques, puis pendant la durée des symptômes (généralement 7-10 jours). Mais un portage prolongé est possible après la phase de guérison, jusqu’à 60 jours après le début des signes cliniques, parfois au-delà, notamment chez l’individu immunodéprimé.

Plusieurs études se sont intéressées à la cinétique de l’excrétion virale. Sur 155 patients américains ayant subi un contrôle PCR après un premier résultat positif, 88 % sont restés positifs 1 à 5 jours plus tard, et 56 % des 105 patients testés l’étaient encore à 21-25 jours. Dans une cohorte chinoise, le temps de négativation de la PCR était d’environ 21 jours. À Wuhan, 36/378 (9,5 %) des patients ayant été testés positifs le sont restés 30 jours plus tard. Plus le tableau clinique est sévère, plus la durée de positivité est longue, avec une médiane de 31 jours dans une étude chinoise portant sur 41 cas graves.

Ainsi, globalement, on peut estimer qu’environ 10 à 30 % des personnes ayant un test PCR positif auront toujours un résultat positif un mois plus tard. Outre l’immunodépression, certains facteurs sont associés à des résultats positifs persistants : hospitalisation tardive, forme sévère, ventilation mécanique, âge avancé.

 

Pendant combien de temps une PCR positive est associée à un risque réel de transmission ?

« La PCR détecte le génome viral, elle ne donne pas d’indication sur le caractère infectieux ou non », explique le Dr Vanessa Escuret, virologue au Centre national de référence des virus des infections respiratoires de Lyon. La détection d’ARN viral par RT-PCR ne signifie pas forcément qu’il y a des particules virales infectieuses dans les échantillons biologiques. L’infectiosité peut être recherchée par la mise en culture de ces derniers. Dans la plupart des cas, les études ont montré que la durée d’excrétion médiane de virus infectieux est de 8 jours (5-11 jours), avec un pic de la réplication virale lors des premiers jours des symptômes.

Aucun virus viable dans les expectorations ou au niveau du nasopharynx n’a été trouvé après le 7e jour de maladie dans une étude allemande, après le 9e jour dans deux travaux américains et après le 11e jour selon une étude menée à Singapour.

Ces données virologiques sont cohérentes avec les observations épidémiologiques montrant que la plupart des transmissions aux contacts se produisent à un stade très précoce de la maladie, dès 48h avant (phase présymptomatique) et au cours des 5 premiers jours symptomatiques.

Ainsi, chez la plupart des personnes immunocompétentes, la détection prolongée ou renouvelée de l’ARN ne devrait pas refléter des particules virales infectieuses, mais plutôt des fragments de génomes viraux.

 

Quelles conséquences pratiques ?

Compte tenu de ces données, on recommande un isolement de la personne infectée pendant 10 jours à partir du jour du début des symptômes (et au moins 48h après la fin de la fièvre), ou de la date du prélèvement pour les cas asymptomatiques ; il n’est plus préconisé de refaire un test PCR pour lever l’isolement.

« En revanche, pour les patients hospitalisés (surtout si graves et/ou immunodéprimés), qui peuvent sécréter du virus infectieux pendant plus longtemps, les recommandations d’isolement et de maintien des gestes barrières varient au cas par cas (cf. procédure du COREB) », souligne le Dr Escuret, « comme celles concernant les réanalyses (test PCR dans le cadre de l’admission en structure collective par exemple) ».

 

Après quel délai peut-on considérer que le risque de réinfection est minime ?

Selon Santé publique France, le risque de réinfection est considéré comme négligeable dans les 2 mois après l’infection. Après ce délai, toute personne testée positive pour le SARS-CoV-2 doit faire l’objet d’une investigation. Quid de la réinfection par un variant différent, si celui-ci a un potentiel d’échappement à la neutralisation par les anticorps post-infection ? Le délai de réinfection pourrait être plus court dans ce cas mais, à l’heure actuelle, les données épidémiologiques et cliniques manquent sur ce point.

 

Y a-t-il un moyen de démontrer qu’un sujet n’est plus infectieux malgré une PCR positive ?

« Certains tests PCR peuvent rendre un résultat semi-quantitatif, appelé Ct, permettant d’estimer approximativement la charge virale », explique le Dr Escuret, « donc le risque de contagiosité du sujet ». Cette valeur, généralement comprise entre 10 et 45, est inversement proportionnelle à la charge virale : plus la valeur de Ct est élevée, plus la charge virale est faible. En revanche, elle peut être variable selon le processus analytique ou selon la technique de RT-PCR utilisés (de nombreux tests sont en effet disponibles actuellement, dont la sensibilité est hétérogène). Dans un avis du 25 septembre 2020, la Société française de microbiologie (SFM) indique comment interpréter la valeur de Ct pour estimer la charge virale, selon le test utilisé. Bien sûr, le prélèvement doit être bien fait, par un professionnel : si l’écouvillon nasopharyngé est paucicellulaire, la charge virale peut être sous-estimée.

Selon les experts de la SFM, bien que la valeur de Ct ne soit pas systématiquement indiquée sur les comptes-rendus des résultats des laboratoires, elle peut être pertinente dans des situations particulières : individus asymptomatiques nécessitant une hospitalisation pour des soins hors Covid-19 (bilan préopératoire, bilan d’admission …), ou personnes ayant un antécédent de Covid-19 dépistés avant un voyage.

 

Une solution pour les voyages à l’étranger ?

Cette question est particulièrement d’actualité parce que, pour favoriser la circulation des personnes entre les pays de l’Union européenne cet été, la Commission européenne a proposé de créer un « certificat vert numérique ». En France, le gouvernement vient de lancer « TousAntiCovid Carnet » (dans l’application TousAntiCovid) où chaque personne pourra intégrer la preuve numérisée d’être « Covid-free » lors des voyages, permettant de simplifier le stockage et la présentation de certificats aux autorités. Pour cela, une certification officielle des fiches résultats de tests RT-PCR et antigéniques négatifs et positifs (dès le 19 avril) ainsi que des attestations de vaccination (dès le 29 avril) a été mise en place. Ce système sera d’abord expérimenté sur des vols à destination de la Corse puis sur les vols vers les Outre-Mer.

Trois types de certificats pourront être intégrés : soit un test négatif (PCR ou antigénique), soit une attestation de vaccination, soit un « certificat de rétablissement de la Covid-19 ». S’agirait-il d’un test sérologique ? D’un certificat médical attestant d’une infection prouvée dans les 2 mois précédents ? Ou d’une PCR positive avec valeur de Ct élevée ? Les contours de ce certificat sont encore très flous…

 

Cinzia Nobile, La Revue du Praticien

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Références

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