L’endométriose, maladie chronique hormono-dépendante définie par un tissu endométrial ectopique, touche environ 10 % des femmes/filles, avec un délai diagnostique estimé entre 4 et 11 ans. Le diagnostic, clinique et par imagerie, reste coûteux et associé à 7 - 10 % de faux négatifs. Le liquide menstruel – mélange non invasif de cellules endométriales et immunitaires, de cellules sanguines et de mucus cervical – représente une piste prometteuse, la menstruation rétrograde étant un mécanisme probable de la maladie. Une étude pilote a donc comparé la composition cellulaire et l’expression génique du liquide menstruel selon la présence ou non d’endométriose, afin d’identifier des biomarqueurs diagnostiques.
L’essai EVOMENS incluait 10 femmes (5 porteuses d’endométriose, 5 témoins), aucune n’ayant jamais été enceinte ni tenté de concevoir, âgées en moyenne de 26,8 ± 6,2 ans et 23,8 ± 4,4 ans, sans traitement ni contraception hormonale depuis au moins 3 mois. Toutes les patientes avaient une endométriose profonde infiltrante confirmée par imagerie (échographie N = 4 ou IRM N = 1) avec un délai diagnostique moyen de 10,4 ± 5,5 ans. Le liquide, recueilli au jour du flux le plus abondant (2e jour des règles pour toutes), a été analysé sans tri cellulaire par snRNA-seq (séquençage de l’ARN de noyaux uniques) et par bulk RNA-seq (séquençage global de l’ARN). L’abondance cellulaire, l’expression génique et la communication intercellulaire ont été testées, puis les gènes différentiellement exprimés (tous types confondus) ont été recherchés en séquençage global et dans une cohorte externe indépendante.
Au total, 23 308 transcriptomes nucléaires ont été obtenus, répartis en 12 types cellulaires, majoritairement immunitaires, avec une forte hétérogénéité interindividuelle. Aucune différence significative d’abondance cellulaire n’a été mise en évidence.
Les résultats, parus en juin 2026 dans BMC Medicine 1, révèlent que les cellules épithéliales endométriales concentraient les altérations : 402 gènes différentiellement exprimés, dont 36 surexprimés et 53 sous-exprimés (d’un facteur supérieur à 2), contre 181 dans les cellules stromales et très peu dans les cellules immunitaires. Elles reproduisaient des gènes déjà décrits dans l’endomètre, les lésions ou des modèles d’endométriose (HSD17B2, AKR1C2, WNT7B, TIMP2, MMP12), la plupart des différences étant inédites. Par ailleurs, les auteurs ont observé que la communication intercellulaire était remodelée, manifestée par une perte d’interactions épithélio-stromales (WNT2B, IGF2, TGFB2) et un gain d’interactions des cellules dendritiques via la signalisation BMP (protéine morphogénétique osseuse).
Pour vérifier que ces différences d’expression restaient détectables au niveau de l’échantillon total, sans tri ni séquençage cellule par cellule – une approche plus facile à transposer en pratique clinique –, les auteurs ont séquencé l’ARN du liquide menstruel. Cinq gènes, tous issus des cellules épithéliales, différenciaient alors les patientes des témoins, comme dans l’analyse cellule par cellule : TIMP2, AKR1C2, DMBT1, FERMT1 et KCNK5. Les deux derniers n’avaient encore jamais été associés à l’endométriose. Recherchés ensuite dans une cohorte indépendante, ces cinq gènes étaient surexprimés chez les patientes avec un niveau de preuve variable : significatif pour KCNK5 (p = 0,013), à la limite du seuil de significativité pour TIMP2, DMBT1 et FERMT1 (p < 0,1) et non significatif pour AKR1C2 (p = 0,22). Enfin, quatre de ces cinq gènes figuraient parmi les 10 % de gènes les plus associés à la maladie, une concentration que le hasard n’explique pas (p = 0,00046), KCNK5 s’avérant le candidat le plus prometteur.
Le liquide menstruel constitue une biopsie liquide non invasive de l’endomètre, permettant donc de capturer les altérations transcriptionnelles des cellules épithéliales dans l’endométriose. Les gènes TIMP2, AKR1C2, DMBT1, FERMT1 et surtout KCNK5, détectables en séquençage global, représentent des biomarqueurs potentiels, dont la stabilité dans le temps et la validation en cohorte large restent à confirmer.
Cette étude pilote portait toutefois sur un effectif très restreint de patientes présentant une hétérogénéité phénotypique et atteintes d’endométriose profonde, le plus souvent associée à un endométriome ovarien et/ou une adénomyose, pouvant masquer des différences propres aux sous-types.