Épidémiologie du Covid : qu’avons-nous appris ? ?

C’est une maladie très contagieuse, les personnes symptomatiques ne sont pas les seules sources de contagion et la plupart des personnes infectées ne sont pas contagieuses longtemps.

On a su dès le printemps 2020 que certaines personnes infectées et infectantes pouvaient rester asymptomatiques ; le tableau tiré d’un article en ligne en juin 2020 résume 16 études montrant que la proportion de personnes infectées restant asymptomatiques dépasse 50 %.¹

On a aussi très vite découvert que des personnes symptomatiques avaient transmis le SARS-CoV- 2 avant leurs symptômes. Un article publié le 1^er mai 2020 le montre très simplement.² L’étude porte sur les 2 761 contacts des 100 premiers cas de Taïwan, tous isolés et suivis ; 22 de ces contacts ont été contaminés. La figure 1a indique, pour chacun de ces 22 contaminés, la période de contact avec son contaminant par rapport à l’apparition du premier symptôme chez ce dernier. Tous ont été en contact avec leur contaminant dans une période de 10 jours autour du premier symptôme du contaminant, à partir de 4 jours avant. A contrario, aucun des 852 contacts exposés à un contaminant potentiel plus de 5 jours après le premier symptôme n’a été contaminé (fig. 1b). La durée de la contagion est donc courte.

En conseillant seulement aux personnes symptomatiques de s’isoler, les autorités françaises ont laissé le virus circuler à travers les personnes asymptomatiques. Pour pouvoir contrôler cette épidémie, il aurait fallu tester massivement et très fréquemment la population pour isoler les personnes positives avant l’apparition des symptômes. En avait-on les moyens ?

Une méta-analyse récente³ suggère un raccourcissement de la période d’incubation (durée entre l’infection et le premier symptôme ou un test positif) avec les variants successifs, cette durée passant de 6,5 jours avec le variant originel à 3,5 jours avec omicron BA.1. La durée entre l’infection d’un contaminant et les infections de ses contaminés est aussi raccourcie. L’épidémie se propage donc de plus en plus rapidement.

Le virus de la grippe est saisonnier : il revient en hiver dans l’hémisphère nord et en hiver dans l’hémisphère sud (quand c’est l’été dans l’hémisphère nord). En ce sens, le SARS-CoV- 2 n’est pas saisonnier : il y a eu des vagues dans l’hémisphère sud en même temps que dans l’hémisphère nord, et les vagues n’ont pas été synchrones dans les différents pays du même hémisphère : la figure 2 montre les différentes vagues en France, en Afrique du Sud et au Brésil. Les principaux pics au Brésil sont observés en juillet 2020, août 2021 et février 2022. En Afrique du Sud, ils sont en août 2020, en janvier et en juillet 2021. En France : avril et novembre 2020, février 2022 et janvier 2023. Cependant, l’hiver facilite la circulation du virus dans la mesure où la population est davantage à l’intérieur.

On ne sait pas combien de personnes, en France, ont eu au moins une fois le Covid, car beaucoup de cas n’ont pas été enregistrés. Mais on peut essayer d’estimer le nombre de morts en utilisant deux approches.

La première consiste à comparer les nombres de décès, toutes causes confondues, observés chaque année depuis 2020 à la mortalité attendue d’après l’évolution des années précédentes. La figure 3 montre qu’on a observé, dans les trois premières années de l’épidémie, un total de 130 000 décès supplémentaires dont 50 000 en 2020.

La seconde consiste à utiliser les certificats de décès. En 2020, le Covid- 19 a été la cause principale de 10,4 % des décès (69 249/667 500) et la figure 4 montre qu’il est, cette année-là, la troisième cause de décès après les tumeurs et les maladies cardiovasculaires.

Donc, en 2020, on a attribué 69 000 décès au Covid- 19 alors que la surmortalité est de 50 000. La différence entre les deux estimations peut s’expliquer par la réduction de la mortalité par d’autres causes que le Covid- 19 à cause du confinement (moins d’accidents par exemple) et par le décès dû au Covid- 19 de personnes qui, sans Covid- 19, seraient décédées de toute façon dans l’année.

La vaccination évite beaucoup de morts, mais, depuis le variant omicron, n’évite pas la circulation du virus. Ceci rend caduc le concept d’une immunité collective ; en effet celle-ci est atteinte quand suffisamment de personnes sont immunisées pour que le virus ne circule plus. Le virus contamine aujourd’hui aussi bien des personnes qui ont déjà été infectées que des personnes vaccinées, donc il circule.

La vaccination diminue le risque de maladie grave, mais l’effet s’atténue avec le temps, il est donc important de se revacciner régulièrement. Cette revaccination est d’autant plus efficace que les nouveaux vaccins sont adaptés aux variants les plus récents. L’historique de la circulation des variants en France est décrit dans la figure 5.

Les vaccins à ARN augmentent le risque de myocardite et de péricardite et le risque de thrombose, et les autres vaccins augmentent le risque de syndrome de Guillain-Barré mais ces effets indésirables sont rares.

La figure 6 montre le nombre de décès attribués au Covid- 19 rapporté à la taille de la population d’un pays. Certains pays dont la France ont cessé de surveiller la mortalité, ce qui explique la stabilité de la fin de certaines courbes. Ces données indiquent que le Covid- 19 a causé plus de décès au Royaume-Uni, aux États-Unis et au Brésil qu’en France, mais la mortalité a été plus élevée en France qu’en Allemagne et en Afrique du Sud, et beaucoup plus élevée qu’en Australie, en Nouvelle Zélande, en Corée du Sud.

On aurait pu estimer le nombre de cas en faisant des tests sur des échantillons aléatoires de la population (comme cela a été fait en Angleterre) ; tester beaucoup plus massivement la population pour un coût raisonnable en faisant des tests groupés, à partir d’un auto-prélèvements salivaire et/ou nasal. On aurait pu surveiller l’épidémie en recherchant le virus dans les eaux usées d’une façon systématique, ceci n’a été organisé qu’à l’automne 2023.

Il faudra analyser la dynamique de l’infection le plus rapidement possible. Savoir que des personnes infectées peuvent être contagieuses avant d’avoir ou sans jamais avoir de symptômes et connaître la durée de la contagiosité sont des informations essentielles si l’on veut contrôler la circulation d’un virus.

Si l’infection se propage avant ou sans symptômes et qu’on ne veut pas confiner la population entière, il faut surveiller la circulation du virus en combinant la recherche dans les eaux usées, qui permet d’identifier en temps réel les zones avec et sans virus, et les tests réguliers dans les populations des zones où le virus circule. Pour pouvoir tester massivement la population, l’utilisation de tests groupés permet des économies très importantes. Le principe est simple. Supposons une prévalence de l’infection égale à 1 %. En prélevant 100 personnes, on s’attend à une personne positive. On sépare chaque prélèvement en deux, pour garder un échantillon par personne, et on regroupe l’autre moitié des échantillons par 20. On a donc cinq regroupements à tester. Quatre seront négatifs, et on testera individuellement les 20 échantillons individuels du regroupement positif. Au total on aura fait 25 tests (5 + 20) au lieu de 100 pour trouver la personne positive.