Les mycobactéries non tuberculeuses (dites aussi atypiques) sont des bactéries environnementales, pathogènes opportunistes de l’homme. La contamination humaine se fait par inhalation ou inoculation de mycobactéries à partir du réservoir environnemental, en particulier l’eau de source domestique (eau du robinet) ou environnementale (zones géographiques humides). Contrairement à la tuberculose, il n’y a pas de transmission inter-humaine, ce qui a deux conséquences pratiques :
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il n’y a pas lieu d’isoler ces patients ;
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il n’existe pas de résistance primaire aux antibiotiques ; il n’y a donc pas nécessité de disposer d’un antibiogramme pour débuter le traitement des mycobactéries les plus fréquentes si le patient n’a pas préalablement bénéficié d’une antibiothérapie prolongée, par exemple par macrolides au long cours.
Microbiologie
Environ 200 espèces de mycobactéries sont aujourd’hui décrites, dont seules une vingtaine sont communément impliquées dans des infections (tableau 1).
Le diagnostic au laboratoire nécessite, comme pour la tuberculose, un examen microscopique et une culture.
Certaines mycobactéries requièrent des conditions de culture particulières (milieu et température d’incubation différents). Si ces conditions ne sont pas réunies, le résultat du laboratoire peut s’avérer faussement négatif. Il est donc impératif de spécifier « recherche de mycobactéries » sur l’ordonnance de demande de bactériologie.
Infections pulmonaires
La prévalence des infections pulmonaires à mycobactéries non tuberculeuses en France est estimée à 6 pour 100 000 habitants.1 Le réseau Azay-mycobactéries a identifié qu’au sein des mycobactérioses pulmonaires, le complexe Mycobacterium avium [incluant M. avium, M. intracellulare et M. chimaera] est responsable de la moitié des cas, Mycobacterium xenopi d’un quart, et le reste est partagé entre Mycobacterium kansasii et Mycobacterium abscessus.
Il convient de souligner l’hétérogénéité géographique de ces mycobactérioses : en France, M. xenopi est essentiellement décrit au nord de la Seine, et il reste quasiment inconnu aux États-Unis.2
Présentations cliniques et radiologiques
Les deux présentations radiocliniques les plus fréquentes sont les formes nodulo-bronchectasiante et fibrocavitaire.
Forme nodulo-bronchectasiante
La forme nodulo-bronchectasiante est également connue sous le nom de syndrome de Lady Windermere (appelé ainsi d’après une pièce d’Oscar Wilde3). Elle atteint classiquement les femmes dans la septième ou huitièmedécennie sans franche maladie sous-jacente. Toutefois, des facteurs prédisposants peuvent être mis en évidence : reflux gastro-œsophagien, mutation du gène CFTR (Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator), pectus excavatum, scoliose, prolapsus valvulaire mitral, corticothérapie inhalée, maigreur.
Elle donne lieu à une maladie subaiguë et à une atteinte prédominant dans le lobe moyen et la lingula, avec des bronchectasies et des nodules (fig. 1). Ces bronchectasies peuvent être la cause ou la conséquence de l’infection mycobactérienne. L’infection simultanée par différentes espèces de mycobactéries non tuberculeuses chez des patients sans facteur de risque illustre des infections itératives et un risque accru de futures réinfections.4
La présentation radiologique est suggestive d’infection pulmonaire à mycobactérie non tuberculeuse lorsqu’apparaît une atteinte nodulaire et/ou micronodulaire branchée à type d’arbre en bourgeons ou devant l’apparition ou la modification d’une excavation du parenchyme pulmonaire.5
Forme fibrocavitaire
La présentation clinique classique est alors celle d’un homme dans la sixième décennie ayant une maladie pulmonaire chronique (BPCO, séquelles de tuberculose…). L’atteinte associe une toux, une altération marquée de l’état général et des excavations bilatérales des sommets (fig. 2). En pratique, cette infection est à évoquer devant l’apparition de symptômes généraux (perte de poids, asthénie) ou respiratoires (toux, expectorations, hémoptysie) associés à des anomalies radiologiques et sur un terrain compatible (dilatation des bronches, BPCO ou syndrome de Lady Windermere). Une recherche itérative de mycobactéries dans les expectorations doit être prescrite dans ce contexte.
Approche diagnostique
L’identification d’une mycobactérie dans un prélèvement n’est pas suffisante pour poser le diagnostic de mycobactériose. En effet, les mycobactéries peuvent être des contaminants de cultures, raison pour laquelle l’aspect quantitatif est important pour retenir le diagnostic. Il est essentiel d’obtenir plusieurs prélèvements positifs en culture, si possible en quantité importante, et au mieux avec des bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR) à l’examen microscopique, témoignant d’une charge bacillaire d’au moins 103 à 104 bacilles/mL et excluant toute contamination.6
Afin de pallier ces problèmes diagnostiques, plusieurs sociétés savantes (European Respiratory Society [ERS], American Thoracic Society [ATS], European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases [ESCMID], Infectious Diseases Society of America [IDSA]) ont révisé en 2020 les critères permettant de retenir le diagnostic d’infection à mycobactérie non tuberculeuse.7 Ces critères, résumés dans le tableau 2, indiquent que pour retenir le diagnostic, il est nécessaire que la survenue des symptômes cliniques et des anomalies radiologiques puisse être attribuée à une mycobactérie identifiée durablement dans les voies aériennes (puisqu’isolée à plusieurs reprises).
Facteurs pronostiques et de réponse au traitement
Les facteurs de mauvais pronostic sont la dénutrition, l’atteinte pulmonaire cavitaire, l’association à une maladie fibrocavitaire apicale, l’existence d’un syndrome inflammatoire biologique.
L’antibiotique qui a changé le pronostic de cette infection est la clarithromycine. Comme dans la tuberculose, une monothérapie au long cours expose au risque de sélection de mutants résistants. Cette résistance aux macrolides compromet significativement le succès thérapeutique, ce qui se traduit par une mortalité accrue pouvant aller jusqu’à 38 %.8 Pour éviter ce phénomène, la monothérapie par macrolide (y compris à visée anti-inflammatoire chez le patient bronchopathe chronique) est à proscrire.9 Les deux antibiotiques les plus utilisés en association avec la clarithromycine sont l’éthambutol et la rifampicine.10 Cependant, ce régime thérapeutique ne permet la négativation de la culture des expectorations que dans 40 à 60 % des cas, ce qui reste nettement inférieur aux taux de succès du traitement antituberculeux.11
Les facteurs influençant la réponse au traitement sont la charge bacillaire initiale, la sensibilité à la clarithromycine et la durée du traitement d’au moins un an après négativation des cultures.11 De ces trois facteurs, seul le dernier est modulable : il convient donc de respecter cette durée. Or l’exposition prolongée à trois ou quatre antibiotiques et l’âge des patients sont autant de facteurs qui conduisent à un grand nombre d’effets indésirables risquant de mener à l’arrêt pour un tiers des patients.12
Traitements non médicamenteux et prévention
Une prise en charge multidisciplinaire doit intégrer les aspects psychologiques, nutritionnels et la rééducation de cette maladie chronique.13 La renutrition protéique est d’une grande importance et doit être systématiquement proposée en cas de dénutrition, compte tenu de l’impact pronostique majeur. La prévention des réinfections passe aussi par une kinésithérapie de drainage bronchique maintenue au long cours et à laquelle il est possible d’associer raisonnablement des mesures préventives environnementales, qui n’ont néanmoins pas encore fait la preuve de leur efficacité.13
Infections ganglionnaires cervicales de l’enfant
Les lymphadénites à mycobactéries non tuberculeuses sont des infections bénignes siégeant classiquement au niveau cervicofacial chez l’enfant immunocompétent âgé de moins de 5 ans non vacciné contre la tuberculose (BCG).14
L’incidence varie de 1 à 3 cas pour 100 000 enfants. Les principales espèces concernées sont le complexe M. avium et M. scrofulaceum.
La prise en charge n’est pas consensuelle et le rapport bénéfices/risques de chaque option doit être discuté. Les possibilités sont l’exérèse chirurgicale complète, avec un risque de lésion du nerf facial, l’antibiothérapie prolongée (associant différentes molécules de type macrolide, rifampicine, éthambutol) ou la surveillance simple, justifiée devant une évolution lentement favorable dans la grande majorité des cas.
Infections cutanées
Ces infections sont souvent liées à des mycobactéries à croissance rapide (M. abscessus, M. fortuitum, M. chelonae) responsables d’infections post-traumatiques (jardinage) ou iatrogéniques (médecine esthétique). Elles peuvent aussi être liées à des mycobactéries à croissance lente.
M. marinum est responsable d’atteinte cutanée secondaire à l’exposition aquatique appelée « granulome des piscines ».
M. ulcerans induit l’ulcère de Buruli, qui est une forme chronique et délabrante d’infection cutanée, surtout rencontrée en Afrique. La prise en charge est médico-chirurgicale et repose sur des molécules variables en fonction de l’espèce concernée.
Certaines pathologies d’inoculation iatrogéniques peuvent conduire à des infections graves. Parmi celles-ci, deux épidémies ont été marquantes : spondylodiscites à M. xenopi et médiastinites à M. chimaera.
Infection généralisée
L’infection généralisée traduit une atteinte systémique par dissémination hématogène de la mycobactérie non tuberculeuse. Autrefois identifiés chez les patients infectés par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH) avec un taux de CD4 inférieur à 50/mm3, ces tableaux sont aujourd’hui plus fréquemment décrits dans d’autres déficits immunitaires (transplantation d’organes solides ou de cellules souches, traitements immunosuppresseurs, déficit de l’axe IL- 12 -IFN- γ).
Les mycobactéries les plus fréquemment identifiées dans ces atteintes sont le complexe M. avium, M. kansasii et M. abscessus. Outre les traitements médicamenteux prolongés, la prise en charge thérapeutique repose sur la restauration de l’immunité lorsque cela est possible.
Que dire à vos patients ?
Les infections à mycobactéries non tuberculeuses sont des infections opportunistes à réservoir environnemental.
Elles surviennent à la faveur d’une fragilité de l’hôte (dénutrition, immunosuppression, comorbidité).
Une identification répétée dans le temps du même micro-organisme associée à d’autres critères sont nécessaires pour conclure à ce diagnostic.
Le traitement est contraignant, long, mais pas systématique. Cette infection n’est jamais contagieuse, à la différence de la tuberculose.
2. Dailloux M, Abalain ML, Laurain C, et al. Respiratory infections associated with nontuberculous mycobacteria in non-HIV patients. Eur Respir J 2006;28(6):1211‑5.
3. Wilde O. L’Éventail de Lady Windermere. 1892.
4. Wallace RJ, Zhang Y, Brown-Elliott BA, et al. Repeat positive cultures in Mycobacterium intracellulare lung disease after macrolide therapy represent new infections in patients with nodular bronchiectasis. J Infect Dis 2022;186(2):266-73.
5. Loebinger MR, Aliberti S, Haworth C, et al. Patients at risk of nontuberculous mycobacterial pulmonary disease who need testing evaluated using a modified Delphi process by european experts. ERJ Open Res 2024;10(5):00791‑2023.
6. Tsukamura M. Diagnosis of disease caused by Mycobacterium avium complex. Chest 1991;99(3):667‑9.
7. Daley CL, Iaccarino JM, Lange C, et al. Treatment of nontuberculous mycobacterial pulmonary disease: An official ATS/ERS/ESCMID/IDSA clinical practice guideline. Eur Respir J 2020;56(1):2000535.
8. Griffith DE, Brown-Elliott BA, Langsjoen B, et al. Clinical and molecular analysis of macrolide resistance in Mycobacterium avium complex lung disease. Am J Respir Crit Care Med 2006;174(8):928‑34.
9. Wallace RJ, Brown BA, Griffith DE, et al. Initial clarithromycin monotherapy for Mycobacterium avium-intracellulare complex lung disease. Am J Respir Crit Care Med 1994;149(5):1335‑41.
10. Dautzenberg B, Saint Marc T, Meyohas MC, et al. Clarithromycin and other antimicrobial agents in the treatment of disseminated Mycobacterium avium infections in patients with acquired immunodeficiency syndrome. Arch Intern Med 1993;153(3):368‑72.
11. Kadota JI, Kurashima A, Suzuki K. The clinical efficacy of a clarithromycin-based regimen for Mycobacterium avium complex disease: A nationwide post-marketing study. J Infect Chemother 2017;23(5):293‑300.
12. Tanaka E, Kimoto T, Tsuyuguchi K, et al. Effect of clarithromycin regimen for Mycobacterium avium complex pulmonary disease. Am J Respir Crit Care Med 1999;160(3):866‑72.
13. Faverio P, De Giacomi F, Bodini BD, et al. Nontuberculous mycobacterial pulmonary disease: An integrated approach beyond antibiotics. ERJ Open Res 2021;7(2):00574-2020.
14. Sodja E, Šivic U, Truden S, et al. Paediatric cervicofacial lymphadenitis caused by non-tuberculous mycobacteria: Nation-wide overview in the period 2000–2020. BMC Pediatr 2025;25(1):270.
Dans cet article
Encadrés
Les mycobactéries non tuberculeuses sont des micro-organismes environnementaux pouvant parfois provoquer des infections. Elles résultent d’une exposition à un aérosol, d’un passage transcutané ou d’une ingestion. Certaines sont disséminées, principalement chez les patients immunodéprimés.
Les infections pulmonaires sont les plus fréquentes. Elles surviennent chez des femmes âgées au morphotype particulier (maigreur, pectus excavatum, dilatation des bronches), ou sur un terrain de pathologie pulmonaire chronique.
Selon le type d’infection, l’antibiothérapie est indiquée ou non. Si un traitement s’impose, il consiste en une polychimiothérapie d’une durée d’au moins un an après négativation de la culture, ainsi qu’en une prise en charge des facteurs favorisants.