Le pneumocoque (Streptococcus pneumoniae) est une bactérie qui provoque des infections auxquelles les médecins généralistes (MG) sont régulièrement confrontés dans leur pratique. Mais quel est le poids de ces infections en soins primaires et chez quels patients la prévention par la vaccination doit-elle être privilégiée ? 

Le fardeau

Chez l’adulte, les MG sont le plus souvent confrontés à des infections à pneumocoque non invasives, localisées au niveau des voies respiratoires hautes et basses. Celles-ci sont principalement responsables de pneumonies sans bactériémie, de sinusites et, plus rarement, d’otites.

À l’inverse, les infections invasives à pneumocoque (IIP), définies par la présence de la bactérie dans un site normalement stérile de l’organisme, sont beaucoup plus rares. Il s’agit le plus souvent de méningites, de bactériémies, de septicémies ou de pneumonies avec bactériémie, tandis que les manifestations telles que l’arthrite, l’endocardite ou la péritonite restent exceptionnelles. 

En France, l’incidence des IIP demeure relativement faible, mais tend à augmenter ces dernières années. En effet, en 2023, elle était de 7,1 pour 100 000 habitants, soit en hausse de 16 % par rapport à 2022 (6,1 pour 100 000), tout en restant inférieure au niveau observé avant la pandémie en 2019 (7,9 pour 100 000). Cette incidence augmente avec notamment l’âge : elle atteint 18,3 pour 100 000 chez les personnes de 65 ans et plus et 34,6 pour 100 000 à partir de 85 ans, contre 4,12 pour 100 000 chez les adultes de 18 à 64 ans1. L’incidence augmente d’autant plus que les patients présentent des comorbidités2. Parmi la population des 65 ans et plus, le taux d’incidence chez les patients à risque de forme sévère serait plus de 20 fois supérieur à celui estimé chez ceux sans facteur de risque.3

La mortalité des IIP varie de 10 à 30 % selon les études et augmente avec l’âge et la présence de facteurs de risque4.

Visibilité du fardeau en médecine générale

Même si l’incidence des IIP reste globalement faible, leur impact chez les personnes âgées de 65 ans et plus est loin d’être négligeable. En 2023, dans cette tranche d’âge, parmi les cas déclarés, l’incidence était de 1,2 méningite pour 100 000 habitants et de 17 bactériémies pour 100 000 habitants, soit 174 cas de méningite et 2 407 cas de bactériémie1. La surveillance se concentre principalement sur ces IIP, qui, pour la plupart, donnent lieu à des hospitalisations, soit d’emblée, soit après une prise en charge en ville. En revanche, les données restent limitées concernant le poids des infections à pneumocoque prises en charge exclusivement en ambulatoire.

En pratique, les MG ne sont qu’exceptionnellement confrontés directement aux IIP, ce qui peut avoir pour résultat une perception différente de ces infections entre la ville et l’hôpital.

En revanche, ils sont souvent amenés à prendre en charge des patients souffrant de pneumonie. On estime qu’un généraliste voit en moyenne 4 ou 5 patients atteints de pneumonie par an,5 l’incidence des pneumonies en soins primaires étant estimée à 4,7 cas pour 1 000 habitants6. Toutefois, toutes les pneumonies ne sont pas d’origine bactérienne. La prévalence des pneumonies à pneumocoque est estimée entre 14,6 et 24,1 % des pneumonies diagnostiquées en ambulatoire.7

En cas de suspicion de pneumonie, la recommandation de la Haute Autorité de santé est de débuter précocement une antibiothérapie pro­babiliste en raison du risque de bactériémie pneumococcique. Cela peut entraîner une surprescription d’antibiotiques, qui contribue au développement de l’antibiorésistance.

Quelles sont les populations à risque ?

Les MG suivent la majorité des patients présentant des facteurs de risque d’IIP, pour lesquels une prévention vaccinale est indiquée. 

Le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) a défini les populations à risque d’IIP, à l’exception des nourrissons, qui présentent un risque spécifique (HCSP, 25 avril 2013).

Risque faible 

Il concerne les personnes immunocompétentes ne présentant pas les pathologies citées ci-dessous. Ce risque est principalement lié au vieillissement et concerne donc les personnes à partir de 65 ans.

Risque intermédiaire 

Il concerne les personnes immunocompétentes atteintes des pathologies sous-jacentes suivantes : cardiopathie congénitale cyanogène, insuffisance cardiaque, insuffisance respiratoire chronique, bronchopneumopathie chronique obstructive (BPCO), emphysème, asthme sévère sous traitement continu, insuffisance rénale, hépatopathies chroniques, diabète, patients présentant une brèche ostéoméningée ou candidats à des implants.

Risque élevé 

Il concerne les personnes immunodéprimées : patients aspléniques ou hypospléniques, atteints de déficit immunitaire héréditaire, infectés par le VIH, sous chimiothérapie, transplantés ou en attente de transplantation, greffés de cellules souches hématopoïétiques, traités par immunosuppresseurs, biothérapies et/ou corticothérapie pour une maladie auto-immune ou inflammatoire chronique, ou atteints de syndrome néphrotique.

Couverture vaccinale des populations à risque

La couverture vaccinale de ces personnes à risque reste insuffisante. Dans une étude portant sur la couverture vaccinale antipneumococcique des adultes immunodéprimés en France entre 2011 et 2017, la vaccination complète n’était réalisée que chez 5,5 % des patients8. Ce taux était légèrement plus élevé chez les personnes vivant avec le VIH (19 %), les patients recevant des immunosuppresseurs pour des maladies inflammatoires ou auto-immunes (15 %) et les patients transplantés d’organes solides (13,1 %). L’âge n’était pas associé à une meilleure couverture vaccinale. D’autres études rapportent des taux de couverture vaccinale très bas en France : 4,5 % dans une cohorte de patients à risque9 et 19 % chez les adultes hospitalisés pour infection respiratoire aiguë.10 Dans une étude récente portant sur les pneumonies à pneumocoque en médecine générale, seuls 6,6 % des patients à risque d’IIP avaient reçu une vaccination.7 Or ces patients à risque sont faciles à identifier, notamment parce que la plupart bénéficient d’une prise en charge d’affection de longue durée (ALD). En 2022, 13,8 millions de personnes étaient concernées par ce dispositif, avec un âge médian de 68 ans, et certaines y étaient enregistrées pour plusieurs pathologies. Sur les 32 affections reconnues ALD, au moins 27 correspondent à des situations pour lesquelles la vaccination antipneumococcique est recommandée.11

Dans ce contexte, le repérage systématique de ces patients pourrait constituer une opportunité simple pour renforcer la prévention, par exemple en associant une information ciblée concernant la prise en charge vaccinale.

Des recommandations vaccinales évolutives

Aucun programme vaccinal systématique n’existait avant les années 2000. Seules certaines personnes à risque (aspléniques, drépanocytaires, immunodéprimées) recevaient le vaccin polysaccharidique 23 -valent. Ce vaccin, réservé à l’adulte et apparu dans les années 1980, protégeait contre 23 sérotypes, mais son efficacité était relative et limitée dans le temps.

En 2001, la vaccination par le vaccin conjugué 7 -valent (VPC7) a été introduite chez les nourrissons et les enfants jusqu’à 2 ans. Initialement recommandée uniquement pour les enfants à haut risque, elle a été progressivement élargie à tous les enfants jusqu’à 2 ans à partir de 2006. Le VPC7 a induit une immunité durable et réduit le portage nasopharyngé des sept sérotypes les plus virulents de Streptococcus pneumoniae et a contribué à une immunité collective. On a pu constater une protection indirecte chez les adultes dans les pays dotés de programmes de vaccination pédiatrique. Cependant, l’émergence de nouveaux sérotypes pathogènes a réduit l’efficacité du VPC7, qui a été remplacé en 2010 par le VPC13. Bien que des vaccins conjugués plus efficaces soient disponibles depuis 2001, la vaccination des adultes à risque par VPC13 suivie de VPP23 n’a été recommandée qu’en 2017.12 Ce progrès a été limité par la faible diffusion des recommandations et la complexité du schéma vaccinal, entraînant une couverture vaccinale insuffisante chez les patients à risque. Depuis 2024, la recommandation de prévention des infections à pneumocoque qui ne ciblait auparavant que les personnes à risque d’IIP est désormais élargie à toutes les personnes âgées de 65 ans et plus, et sans limite d’âge supérieure.13 

Deux nouveaux vaccins, couvrant un nombre plus important de sérotypes, dont certains nouveaux sérotypes pathogènes, sont désormais disponibles chez l’adulte, avec un schéma simplifié en une seule dose : VPC20 et VPC21.14 

Ces vaccins sont remboursés chez les personnes éligibles aux recommandations vaccinales, à savoir toutes les personnes âgées de 65 ans et plus ainsi que les personnes de 18 à 64 ans à risque.

Toutefois, le VPC21 couvrirait 83,5 % des sérotypes responsables d’ IIP, contre 62,3 % pour le VPC20. Depuis juillet 2026, la HAS préconise le recours préférentiel au VPC21 chez les adultes.15

Pour les personnes déjà vaccinées par VPC13 et/ou VPP23, une dose de VPC21 peut être proposée : 

  • si elles ont reçu une seule dose de VPC13 ou de VPP23 il y a plus d’un an ;

  • après cinq ans pour celles déjà vaccinées par la combinaison VPC13 -VPP23.


À ce jour, aucun rappel n’est prévu.

Conclusion

L’introduction de la vaccination contre le pneumocoque semble avoir contribué à une baisse relative de l’incidence des IIP dues aux sérotypes vaccinaux et à une réduction de la résistance aux antibiotiques. Cependant, cet impact est limité par le phénomène de remplacement sérotypique. La mise à disposition de nouveaux vaccins offrant une meilleure couverture contre les sérotypes pathogènes circulants, ainsi que le dévelop­pement de vaccins utilisant d’autres technologies, devraient continuer à renforcer la lutte contre les IIP16. Il est important de repérer prioritairement les patients les plus à risque afin de leur proposer systématiquement cette vaccination. Les consultations de suivi des patients atteints de maladies chroniques et des personnes âgées de 65 ans et plus doivent être l’occasion d’aborder l’indication de cette vaccination.

Références 
1. Centre national de référence des pneumocoques. Rapport annuel d’activité 2025. Données 2024. https://cnr-pneumo.com/rapports-publis 
2. M. Doyinsola Bailey MD, Farge G, Mohanty S, et al. Clinical burden of pneumococcal disease among adults in France: A retrospective cohort study. Hum Vaccin Immunother 2025;21(1):2515760. 
3. Viriot D et al. Répartition des infections invasives à pneumocoques et couverture sérotypique chez les adultes selon le risque de forme sévère, France métropolitaine, 2014-2023. Médecine et maladies infectieuses. Volume 4, Issue 2, Supplement, June 2025, Page S77.
4. https://www.santepubliquefrance.fr/maladies-et-traumatismes/maladies-et-infections-respiratoires/infections-a-pneumocoque 
5. Partouche H, Buffel du Vaure C, Personne V, et al. Suspected community-acquired pneumonia in an ambulatory setting (CAPA): a French prospective observational cohort study in general practice. NPJ Prim Care Respir Med 2015;12(25):15010.
6. Partouche H, Lepoutre A, Buffel du Vaure C, et al. Incidence of all-cause adult community-acquired pneumonia in primary care settings in France. Med Mal Infect 2018;48(6):389-95.
7. Le Bel J, Pinot J, Alfaiate T, et al. Description and characterization of pneumococcal community acquired pneumonia (CAP) among radiologically confirmed CAP in outpatients. NPJ Prim Care Respir Med 2025;35(1):1.
8. Cailleaux M, Balusson F, Pele F, et al. Seasonal influenza and pneumococcal vaccination coverage among immunocompromised adults in France: A need for improvement. Infect Dis Now 2026;56(1):105225.
9. Wyplosz B, Fernandes J, Sultan A, et al. Pneumococcal and influenza vaccination coverage among at-risk adults: A 5-year French national observational study. Vaccine 2022;40(33):4911-21.
10. Rolland S, Nguyen LL, Descamps A, et al. FLUVAC study group. Influenza and pneumococcal vaccine coverage among adults hospitalized with acute respiratory infection in France: A prospective cohort study. Int J Infect Dis 2025;153:107811.
11. Ameli. Les bénéficiaires du dispositif des affections de longue durée (ALD) en 2022 et les évolutions depuis 2005. juillet 2024 
12. Haut Conseil de la santé publique (HCSP). Avis relatif aux recommandations vaccinales contre les infections à pneumocoque pour les adultes, 10 mars 2017. 
13. HAS. Élargissement des critères d’éligibilité à la vaccination antipneumococcique chez les adultes. Place du vaccin PREVENAR-20 chez les adultes seniors, tous niveaux de risque inclus, 19 décembre 2024. 
14. HAS Stratégie de vaccination contre les infections invasives à pneumocoques. Place du vaccin CAPVAXIVE chez l’adulte, 3 juillet 2025.
15. HAS. Révision de la stratégie de vaccination contre les infections invasives à pneumocoques. Juillet 2026
16. Ozisik L. The new era of pneumococcal vaccination in adults: What is next? Vaccines (Basel) 2025;13(5):498.

Dans cet article

Ce contenu est exclusivement réservé aux abonnés

Ressources complémentaires

Résumé

Dans ce contexte, l’identification proactive des patients à risque d’infection invasive à pneumocoque, notamment lors des consultations de suivi des patients atteints de maladies chroniques et chez les patients de plus de 65 ans, est essentielle pour améliorer la prévention par la vaccination.