Quelle place des TAAN multiplex par rapport aux tests conventionnels ?
Les techniques d’amplification des acides nucléiques (TAAN) regroupent un ensemble de méthodes en biologie moléculaire – dont la PCR – permettant de multiplier de façon exponentielle une séquence spécifique d’ADN ou d’ARN. Les TAAN multiplex permettent de rechercher simultanément plusieurs microorganismes, en fonction des panels choisis (bactérien, parasitaire, viral ; v. fig. 1).
La HAS considère que, comparé aux méthodes conventionnelles, le recours aux TAAN multiplex permet une meilleure prise en charge des patients atteints d’infections gastro-intestinales, grâce à leurs performances diagnostiques et à un effet positif sur l’organisation des soins, et qu’elles ont donc un intérêt clinique en ville comme à l’hôpital.
Néanmoins, les méthodes conventionnelles restent nécessaires :
- la culture bactérienne reste indispensable à l’isolement de la bactérie pathogène pour réaliser un antibiogramme. En cas de test PCR positif, la culture doit être réalisée sans délai. En cas de diarrhée persistante après une première TAAN multiplex négative, le recours à une approche conventionnelle par culture doit être privilégiée ;
- les tests antigéniques viraux sont suffisants pour assurer un diagnostic fiable en cas de gastroentérite virale aiguë de l’adulte et de l’enfant. Il reste la méthode de 1re ligne, permettant une première réponse plus rapide et à moindre coût dans les situations nécessitant une exploration poussée (formes sévères, épidémies nosocomiales, populations vulnérables dont enfants ou personnes fragiles vivant en collectivité). Les tests moléculaires seront utilisés en seconde ligne, si les tests antigéniques sont négatifs ou ininterprétables ;
- les tests immuno-enzymatiques (GDH ou détectant des toxines A et B) sont indispensables dans la recherche de C. difficile.
Quand les prescrire et sous quelles conditions ?
Les indications et types de panels à utiliser sont présentées dans l’algorithme décisionnel en figure 2 ci-contre.
Conditions de réalisation des TAAN multiplex :
- elles doivent être effectuées après examen clinique systématique du patient ;
- le prélèvement doit être réalisé dans des conditions optimales, faute de quoi la sensibilité analytique est altérée, augmentant le risque de faux-négatifs et compromettant l’interprétation clinique des résultats ;
- leurs résultats doivent être rendus dans un délai compatible avec une prise en charge optimale.
La HAS rappelle également l’importance de bien connaître les limites des TAAN multiplex :
- elles ne peuvent pas détecter d’autres agents que ceux inclus dans chaque panel ;
- elles ne distinguent pas une infection d’un simple portage car elles détectent avec une forte sensibilité les acides nucléiques cibles (ADN ou ARN), ne permettant pas d’évaluer la viabilité ou l’infectiosité du pathogène détecté ;
- le résultat est uniquement qualitatif dans la majorité des cas (toutes les TAAN multiplex n’offrent pas de documenter les valeurs de Ct) ;
- la détection de multiples pathogènes peut compliquer le diagnostic, et l’interprétation des résultats peut s’avérer délicate (co-infections, portage asymptomatique), d’où la nécessité d’un dialogue clinicien-biologiste adapté.
