La circulation du SARS-CoV-2 s’est associée à des évolutions moléculaires significatives du virus. Ces évolutions ont découlé de mutations qui elles-mêmes ont entraîné l’apparition de lignages dotés d’avantages réplicatifs. Ces avantages sont liés d’une part à l’augmentation de la transmissibilité (meilleure affinité du virus pour son récepteur ACE2 [Angiotensin-Converting Enzyme 2]), d’autre part à un échappement partiel à la réponse immunitaire progressivement croissant. Le contexte pandémique, avec des bouffées épidémiques massives dans des zones de forte densité de population, a incontestablement créé des conditions favorables à l’apparition de ces « variants ». Entre décembre 2019 et octobre 2021, au moins trois périodes évolutives ont pu être identifiées. Un effort sans précédent a permis de suivre les virus circulant à l’échelle planétaire, de manière transparente et avec un partage rapide des données. Cette surveillance moléculaire a décrit précisément les virus circulants et leur évolution. Les outils et moyens déployés pour établir l’épidémiologie moléculaire du SARS-CoV-2 reflètent incontestablement une montée en puissance de la capacité d’analyse à l’échelle planétaire, et peut contribuer à mieux nous préparer au prochain épisode pandémique. La crise Covid-19 est probablement en passe de s’amender. Une meilleure maîtrise de notre environnement et une surveillance renforcée de la santé du monde animal (vecteur de zoonoses à potentiel pandémique) permettront de réduire les risques, ou de les détecter plus rapidement.Bruno Lina, laboratoire de virologie des HCL, Institut des agents infectieux (IAI), CNR des virus à transmission respiratoire, groupement hospitalier Nord, hôpital de la Croix-Rousse, Lyon
18 janvier 2022
