L’hypothèse d’un lien entre autisme et microbiote repose sur deux constats : d’une part, l’augmentation du nombre de diagnostics de troubles du spectre de l’autisme (TSA) ces dernières années ; d’autre part, la fréquence accrue des troubles gastro-intestinaux chez les personnes atteintes de ces troubles. Ces éléments ont nourri l’idée qu’un facteur environnemental pourrait intervenir dans l’étiologie et/ou la physiopathologie de l’autisme.
Dans un article publié en janvier 2026 dans Neuron , une équipe de chercheurs anglosaxons incitent cependant à la prudence : d’abord, la hausse des diagnostics ne signifie pas nécessairement une augmentation réelle de la prévalence du trouble. Cette dernière s’expliquerait en grande partie par une meilleure détection et un élargissement des critères diagnostiques. Ensuite, l’existence de symptômes digestifs ou d’une « dysbiose » chez les personnes autistes ne démontre pas que le microbiote en soit la cause : des particularités alimentaires, des comportements sélectifs vis-à-vis de l’alimentation, ou encore des facteurs génétiques communs pourraient y contribuer. Enfin, les auteurs rappellent que l’autisme est un trouble héritable, et que de nombreux variants génétiques restent encore à identifier.
Que penser des données ?
On dispose de trois grands types de données sur ce sujet : les études observationnelles, les travaux expérimentaux chez la souris, et les essais cliniques d’intervention.
Les études observationnelles rapportent des différences entre enfants autistes et témoins neurotypiques concernant certains paramètres du microbiote intestinal, mais la nature précise de ces différences n’est pas reproduite d’une étude à l’autre. Dans certains cas, une association rapportée n’est pas retrouvée dans d’autres travaux ; dans d’autres, les résultats sont opposés. Cela concerne l’abondance de certains microorganismes et métabolites, mais aussi des mesures plus globales de la diversité microbienne.
Plusieurs raisons méthodologiques peuvent expliquer cette hétérogénéité. Selon les chercheurs, les études sur le microbiote génèrent des volumes importants de données (mégadonnées). Dans des essais avec de petits effectifs, cette multiplicité analytique accroît mécaniquement le risque de faux positifs. « On a l’impression que la littérature n’est pas cumulative, les études ultérieures ne répliquant ni ne s’appuyant sur les précédentes ; au contraire, la justification d’une étude repose souvent sur l’idée que quelque chose se passe entre l’autisme et le microbiote intestinal, chaque étude adoptant des méthodes différentes sans qu’aucun résultat cohérent et reproductible n’émerge », concluent les auteurs.
Les études chez la souris ont également des limites importantes : très petits effectifs, faible robustesse des résultats, et surtout validité discutable des modèles murins d’« autisme » et des tests comportementaux censés en capturer les traits.
Enfin, les essais cliniques humains sont tout aussi peu convaincants. La plupart des études publiées sont ouvertes, non randomisées, sans groupe témoin, avec de faibles effectifs et de nombreux biais potentiels. Les essais randomisés contrôlés disponibles n’apportent pas non plus de preuve solide ou cohérente d’un bénéfice clinique des interventions ciblant le microbiote (probiotiques, etc.) sur les symptômes de l’autisme. En l’état, ces travaux ne permettent donc pas d’étayer une relation causale ni de justifier des thérapeutiques spécifiques.
Selon les chercheurs, il est plus probable que les symptômes gastro-intestinaux et l’autisme soient les conséquences communes de certains facteurs étiologiques, notamment génétiques.
Des questions éthiques
Les chercheurs dénoncent aussi des conflits d’intérêts non négligeables, avec développement de biomarqueurs, suppléments alimentaires et régimes spécifiques. Les communiqués de presse et les relais médiatiques tendent souvent à exagérer la portée des résultats. Ces discours peuvent entretenir des attentes injustifiées chez les familles, voire alimenter un marché peu régulé de traitements « naturels » ou de faux espoirs thérapeutiques.
En conclusion, les chercheurs invitent leurs collègues soit à ne pas s’acharner dans ce domaine, soit à renforcer la rigueur expérimentale des études, en exigeant une puissance statistique adéquate, des protocoles standardisés et une distinction claire entre les études exploratoires et confirmatoires. En l’absence de telles exigences, le risque est d’alimenter inutilement un champ de recherche très actif, mais peu informatif sur le plan clinique.
Pour en savoir plus :
Nobile C. Test d’analyse du microbiote : qu’en penser ? Rev Prat (en ligne) 26 septembre 2023.
Mallordy F. Probiotiques : un intérêt dans l’autisme ou le TDAH ? Rev Prat (en ligne) 10 juillet 2025.